Martin Nejedlý est devenu en 2007 coordinateur du programme Erasmus auprès de l'Institut d'histoire tchèque de la Faculté des Lettres. Son réseau de connaissances parmi les historiens français et son expérience du travail avec les étudiants étrangers au sein du Séminaire franco-tchèque lui ont permis de développer la collaboration dans le domaine universitaire. Depuis le début de son engagement, il a réussi à conclure des accords Erasmus avec les institutions suivantes :

• École des Hautes Études en Sciences Sociales
• École normale supérieure – Rue d'Ulm
• École Pratique des Hautes Études
• Université Brest
• Université de Caen Basse-Normandie
• Université Charles-de-Gaulle Lille III
• Université catholique de Louvain
• Université Paris IV – Sorbonne
• Université Paris X-Nanterre
• Université Paris XII – Val de Marne
• Université Paris XIII – Paris Nord
• Université Rennes II – Haute Bretagne
• Université de Nantes
• Université Michel-de-Montaigne Bordeaux III
• Université de Provence Aix-Marseille I
• Université Lumière Lyon II
• Université Lyon III
• Université de Strasbourg
• Université de Poitiers
• Université de Reims
• Université d' Orléans
• Université de Liège
• Université de Luxembourg

Tandis que des accords déjà existants se poursuivent ou se développent avec :

• Université de Picardie Jules-Verne Amiens
• Université d'Avignon des Pays de Vaucluse
• Université de Bourgogne Dijon
• Université Paul-Valéry Montpellier III
• Université de Nancy
• Université Paris I – Panthéon Sorbonne
• Université de Toulouse II – Le Mirail
• Université François-Rabelais Tours

La collaboration dans le cadre d'Erasmus est considérée comme essentielle pour la création de liens entre les étudiants mais aussi entre les enseignants tchèques et français.

Dans le cadre des ces échanges universitaires, ont déjà été reçus Mesdames et Messieurs :
Baudouin van den Abeele, Martin Aurell, Françoise Autrand, Simone Balossiono, Patrick Boucheron, Boris Bove, Sophie Cassagnes-Brouquet, Jean-Marie Cauchies, Marie-Madelaine Cevins, Elisabeth Claverie, Franck Collard, Elisabeth Crouzet-Pavan, Denis Crouzet, Alain Demurger, Bernard Doumerc, Marie-Elisabeth Ducreux, Jean Dufournet, Bruno Dumézil, Stéphane Durand, Olivier Faron, Justine Faure, Marc Ferro, Didier Francfort, Françoise Michaud-Fréjaville, Xavier Galmiche, Jean-Louis Gaulin, Alban Gautier, Claude Gauvard, Véronique Gazeau, Jean-Philippe Genet, Benoit Grévin, Isabelle Guyot-Bachy, Olivier Chaline, Jacques Chiffoleau, Sylvie Joye, Thierry Kouamé, Jacques Krynen, Julien Loiseau, Claire Madl, Michel Margue, Alain Marchandisse, Olivier Marin, Séverine Marin, François Menant, Jean-Marie Moeglin, Pierre Monnet, Pascal Montaubin, Jean-Philippe Namont, Marilyn Nicoud, Nicolas Offenstadt, Werner Paravicini, Jacques Paviot, Paul Payan, Thierry Pécout, Michel Perrotino, Sylvain Piron, Ségolène Plyer, Danielle Régnier-Bohler, Anne Reltgen-Tallon, Bernard Ribémont, Pierre Rosanvallon, Jean-Frédéric Schaub, Jean-Claude Schmitt, Bertrand Schnerb Michel Sot, Alain Soubigou, François-Olivier Touati, Cécile Treffort, André Vauchez, Julien Véronèse, Ludovic Viallet, Gabriele Vickerman-Ribémont, Laurent Vissière et Nicolas Weill-Parot.

Collège de France
Par ailleurs, une convention a été signée avec le Collège de France, avec M. Nejedlý comme coordinateur de cette nouvelle coopération. Dans ce cadre Monsieur le Professeur Michel Zink a ouvert par deux conférences à Prague cet échange. En 2011, c´est Monsieur le Professeur Roger Chartier qui a continué dans cette lancée. En 2012, le sémainaire a bénéficié d’un deuxième cycle de conférences de Monsieur Michel Zink. En 2014, Monsieur Pierre Rosanvallon a donné deux conférences dans le cadre de cette coopération. En 2015, nous avons accueilli prof. Alain de Libera. En 2016, Monsieur Henry Laurens a donné les conférences sur le monde musulman.