La Faculté des Lettres de l'Université Charles de Prague soutient les recherches sur les relations franco-tchèques au Moyen Âge au travers du projet de recherche du Ministère de l'enseignement national MSM 0021620827. Dans ce cadre, Martin Nejedlý dirige une équipe de doctorants et d'étudiants. Lui-même a concentré ses recherches sur la légende généalogique des Luxembourg et sur l'image des Tchèques dans les sources françaises ; il en a fait la synthèse dans son travail d'habilitation publié sous le titre Meluzínský mýtus ve středověku a rodová pověst Lucemburků (Le mythe de Mélusine au Moyen Âge et la légende de la famille des Luxembourg), Scriptorium, Prague, 2007. À l'heure actuelle, il se concentre sur le premier projet d'union des États européens conçu par le roi de Bohême Georges de Poděbrady et son conseiller français (une longue préface à l'ensemble des documents traduits en français et faisant la synthèse des relations franco-tchèques du XVe siècle est parue en décembre 2008 en France sous le titre De la Bohême jusqu'au bout du monde, in : De la Bohême jusqu'à Compostelle. Aux sources de l'idée d'union européenne, Atlantica, Biarritz 2008, s. 11-72 (ISBN: 978-2-7588-0180-1) Le thème en question et le livre ont été présentés lors de la journée d'études intitulée « Aux sources de l'idée d'union européenne », qui s´est tenue le 11 décembre 2008 dans le cloître d'Emmaüs à Prague.